【コラム】2026年の確定申告が変わる！電子申告とマイナポータル連携の完全ガイド【最新版】

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「電子申告って難しい？」｜電子申告の変更点を分かりやすく解説

　2026年の確定申告では電子申告の利用がさらに広がり、国税庁は申告データの標準化と自動化を進めています。
　「電子申告は難しい」という声は依然として多いものの、制度自体は毎年改善されています。

2026年の電子申告の主な変更点

　2026年の電子申告で特に重要な変更点は三つあります。
　第一に、生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書、医療費情報、住宅ローン控除の一部など、マイナポータルから自動取得できる情報が増える点です。
　第二に、スマホ申告の対象が広がり、給与所得者だけでなく、一部の事業者も対象となる可能性が議論されています。
　第三に、インボイス制度とのデータ連携が進み、売上・仕入の自動反映が増える点です。

電子申告の流れ

　電子申告の大まかなステップを、はじめての方にも分かりやすいように7つの流れで整理しました。

1マイナンバーカードを準備する
2マイナポータルへログインする
3各種控除証明書や医療費情報を自動取得する
4クラウド会計ソフトへデータを連携する
5申告内容・控除の反映状況を確認する
6電子申告（e-Tax）で申告データを送信する
7申告控えを電子データで保存・保管する

Q&A｜電子申告に関するよくある質問

　Q1. 電子申告をすると本当にミスが減りますか？
　A1. 電子申告は控除証明書の自動取得が増えたため、入力漏れが大幅に減ります。特に2026年は情報連携が強化され、紙の証明書と数字が一致しないミスが減少します。

　Q2. スマホだけで確定申告はできますか？
　A2. 2026年版ではスマホ申告の対象が広がる方向で、簡易申告はスマホで完結します。ただし、複数所得のある個人事業主はパソコンとクラウド会計の併用が推奨されています。

　Q3. さいたま経理代行センターを利用した場合でも電子申告はできますか？
　A3. 弊社では電子申告のデータ整理や事前準備の代行が可能で、クラウド会計との連携も含めてサポートできます。

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マイナポータル連携で何が自動化される？｜電子申告の最新ポイント

　2026年の確定申告では、マイナポータル連携が大幅に強化されます。
　マイナポータル連携が進むと、控除証明書の収集や入力の手間が減り、申告内容のミスが減少します。理由としては、控除情報・医療費情報・ふるさと納税情報などが自動取得される範囲が拡大するためです。

2026年版マイナポータル連携で拡大する自動取得の対象

① 生命保険料控除証明書

多くの保険会社が新たに連携し、証明書の自動取得が可能に。
PDF管理や紙の提出が軽減され、控除の入力漏れ防止にもつながります。

② 医療費通知情報

健康保険組合や医療機関の対応範囲が拡大し、医療費控除の集計がより正確で簡単に。
明細入力の手間が大幅に減ります。

③ 住宅ローン残高証明書

対応金融機関が増え、住宅ローン残高証明書もマイナポータル上で取得可能に。
控除計算の準備がスムーズになります。

④ ふるさと納税の寄附情報

対応ポータルサイト・自治体が拡大し、寄附情報が自動で集約。
寄附金控除の入力漏れや計算ミスを防ぎます。

Q&A｜マイナポータル連携に関する疑問

　Q1. 連携することで個人情報が漏れる心配はありませんか？
　A1. マイナポータルは政府の厳重な情報管理のもとで運用されており、通信はすべて暗号化されています。データは申告者本人の許可がないと提供されません。

　Q2. マイナポータル連携だけで確定申告が完結しますか？
　A2. 控除情報は取得できますが、事業所得や経費の整理は必要です。この部分はさいたま経理代行センターでサポートいたします。

個人事業主・フリーランスが注意すべきポイント

① 電子帳簿保存法への完全対応が必須

電子取引データの紙保存が不可となり、検索要件（取引先名・日付・金額）が必須。
PDFや領収書のファイル名ルール、フォルダ管理、データ保存場所の統一が求められます。
設定を誤ると帳簿不備と判断される可能性があるため注意が必要です。

② インボイス制度と電子申告の連携強化

インボイス番号の登録・適格請求書の確認・仕訳区分の設定が重要に。
自動仕訳に誤りがあると、仕入税額控除が正しく反映されません。
経過措置の終了時期も近づき、2026年は特にチェック体制が必要です。

③ クラウド会計の初期設定が申告精度を左右する

消費税区分・事業区分・科目の自動提案の設定が不適切だと申告内容がズレやすくなります。
電子申告との整合性を保つため、初期設定の見直しが必須。
マイナポータル連携データとの一致確認も重要です。

デジタル化で“逆にミスが増える”ケースとは？

　確定申告の電子申告が進む一方で、デジタル化が原因でミスが増えてしまう事例も確認されています。

自動反映データの確認漏れ

　2026年はマイナポータル連携が拡大し、電子申告で使用できるデータ量が増えます。
　しかし、自動取得したデータをそのまま使用すると、誤った計算結果になる可能性があります。控除証明書の「適用区分」が誤って読み取られているケースや、医療費通知に含まれない医療機関の分が漏れてしまうケースが発生しています。

クラウド会計ソフトの設定ミス

　クラウド会計ソフトは便利ですが、設定を誤ると大きな影響が出ます。
　例えば、消費税区分の設定が間違っていると、課税売上や仕入税額控除の計算が大幅にずれます。インボイス制度と連携した自動仕訳に依存しすぎると、適格請求書でない取引が控除対象になってしまうリスクがあります。最新の税制を踏まえて設定しましょう。

電子帳簿保存法への対応不足

　電子帳簿保存法では、電子データを紙で保存することが認められないため、フォルダ管理や検索要件を満たす設定が重要です。
　フォルダの命名ルール、検索キー情報の入力漏れ、PDF化した書類の保存場所が統一されていない、といった管理ミスが増えています。弊社では電子帳簿保存法の要件を満たすシステム構築をサポートできるため、実務の負担を軽減できます。

専門家に任せると何が変わる？｜経理代行 × 電子申告の相乗効果

　2026年の電子申告は自動化が進みますが、正確性を確保するためには専門的な知識が必要です。結論として、「電子申告のメリットを最大限に活かすには専門家との連携が非常に効果的」です。

専門家に依頼するメリット

① クラウド会計の設定最適化でミスを未然に防げる

クラウド会計の消費税区分や自動仕訳の設定は誤ると重大なズレが発生します。
専門家は最新の税制やインボイス制度に基づき最適な設定を行えます。
初期のつまずきを減らすことで、毎月の経理作業が安定します。

② マイナポータル連携データのチェックで控除漏れを防止

自動反映された控除証明書や医療費情報には、不足・重複・誤反映が起こることがあります。
専門家は取得データの検証を行い、控除漏れや誤入力を未然に防ぎます。
正確な電子申告のためには、この確認が非常に重要です。

③ 最新制度（インボイス・電子帳簿保存法）への確実な対応

インボイス制度や電子帳簿保存法は毎年細かな変更があり、個人で追うのは負担が大きいです。
専門家は最新情報を踏まえて仕訳や保存方法を最適化し、法令遵守を確実にします。
担当者の知識差によるリスクを減らせます。

④ 申告書作成〜電子申告まで一気通貫で任せられる

申告書の作成からe-Taxでの送信、控えの電子保存まで代行可能です。
忙しい事業者にとって、申告準備の負担が大幅に軽減されます。
不安な手続きを丸ごと任せられるため、安心感が大きくなります。

まとめ

　電子申告が当たり前になる2026年の確定申告は、これまでより便利でスピーディーになりますが、同時に「正しく使いこなすこと」がとても大切になります。デジタル化の波に乗るためには、小さな準備をコツコツ進めていくことが大きな安心につながります。「何から始めればいいか分からない…」と感じた時こそ、気軽に専門家を頼ってみてください。

　さいたま経理代行センターでは、給与計算代行サービスはもちろんのこと、年末調整等の関連業務を含む給与計算業務に係るトータルサポートを承っております。社会保険料、源泉徴収税の控除を含む給与計算から、給与明細の発行、給与振込まで各種代行業務や、クラウド給与・勤怠ソフト導入のご提案などもさせていただいております。気になる方は是非、お気軽にご連絡下さい。

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