2026.02.04

【コラム】インボイス制度3年目の確定申告2026｜消費税計算で増えるミスと実務ポイント

　こんにちは！さいたま経理代行センターです。

　2026年（令和8年）の確定申告に向けて、「インボイス制度が3年目に入り、消費税計算がより複雑になってきた」「適格請求書の保存方法が正しいか不安」といった相談が急増しています。検索からこの記事に辿り着いた方も、同じ悩みを抱えているはずです。 この記事では、インボイス制度3年目の消費税計算で発生しやすいミスを、図解・Q&Aを交えて分かりやすく整理します。 それでは、2026年申告に向けた実務対応を詳しく見ていきましょう。

 

インボイス制度3年目の2026年確定申告で起こる変化

　インボイス制度は2023年10月にスタートし、2026年（令和8年）は3年目に突入します。
　経過措置が段階的に縮小し、適格請求書の不備がそのまま控除否認につながりやすい時期です。消費税の追加納税は企業にとって負担が大きくなるため、インボイス計算の精度が経営に直結します。

【ミス①】適格請求書の保存漏れ（電子保存の落とし穴）

　インボイス制度の根幹は「適格請求書の保存」です。
　電子帳簿保存法が完全義務化され、電子取引データの保存要件が問われる場面が増えました。PDF・メール・クラウド請求書を紙に印刷しただけでは要件を満たすことが出来ず、保存漏れが1件あれば80,000円〜100,000円規模の控除否認が起こる例もあります。

電子保存でよくある失敗例

　📍メール添付PDFを印刷して紙だけ保存してしまう
　📍クラウドからダウンロードした請求書を日付ごとに整理していない
　📍ファイル名が「請求書」「領収書」だけで検索不可
　📍スマホ撮影の画像をアップロードしただけで要件不足

 

【ミス②】経過措置（80％・50％）の誤判定

　経過措置は2023〜2029年まで段階的に縮小します。
　2026年10月以降、適格事業者でない取引先に対する控除率が「50％」に縮小されますが、それまでは「80％」のままとなりますので注意が必要です。

 

【ミス③】非課税・不課税・免税の判定ミス

　①住宅の貸付（非課税）
　②補助金（不課税 or 課税）
　③医療行為（非課税）

　補助金は「委託費＝課税」「交付金＝不課税」と大きく異なるため要注意です。

 

【ミス④】簡易課税の選択遅れ・誤判定

　簡易課税は有利な場合と不利な場合の差が大きく、 2026年はインボイスにより“みなし仕入率の影響差”が拡大します。

 

【ミス⑤】返品・値引きの返還インボイスの処理漏れ

　返品したのに返還インボイスが発行されていないケースが非常に多いです。
　10万円の商品返品で返還インボイスが無いと、消費税1万円の過大控除となります。

 

Q&A｜よくある質問

　Q1. 適格事業者をやめた取引先の請求書はどう扱う？
　適格番号失効日以降の請求書はインボイスではありません。 → 経過措置（80％など）を適用します。

  　Q2. クレカの利用明細だけで控除はできますか？
   　利用明細はインボイスではないため不可。 店舗の適格請求書が必要です。

　Q3. 家事按分の光熱費・通信費にもインボイスが必要？
　事業使用分のみ控除対象。インボイスがあれば100％。なければ経過措置を適用します。

 

まとめ

　インボイス制度3年目となる2026年は、これまで以上に細かな確認が求められます。「これで本当に合っているのかな」「処理が追いつかない」と感じている方も多いはずです。毎日の業務の中で、消費税計算や請求書管理まで完璧に行うのは、大きな負担になりますよね。専門家が入るだけで、経理の負荷は大きく軽くなりますし、追加納税のリスクも減らせます。さいたま 経理代行のサポートを活用して、安心して本業に集中できる環境を整えてみませんか。

　さいたま経理代行センターでは、給与計算代行サービスはもちろんのこと、年末調整等の関連業務を含む給与計算業務に係るトータルサポートを承っております。社会保険料、源泉徴収税の控除を含む給与計算から、給与明細の発行、給与振込まで各種代行業務や、クラウド給与・勤怠ソフト導入のご提案などもさせていただいております。気になる方は是非、お気軽にご連絡下さい。

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