2025.12.10

【コラム】インターンや副業社員が増える時代へ｜給与計算と契約管理の実務ポイント

　こんにちは！さいたま経理代行センターです。

　2025年は副業解禁の定着や採用環境の変化が進み、企業の人材活用はますます多様化しています。特にインターン採用や副業人材の受け入れは増加傾向にあり、一方で給与計算や社会保険の取り扱いは複雑さを増しています。この記事では、インターン・副業人材受け入れ時の給与計算と契約管理の実務対応を整理し、担当者がすぐに判断できる形で解説します。記事を読めば、法的リスクを避けながら正確な給与計算を実現する土台を作ることができます。インターンや副業人材の受け入れを検討中の企業は、ぜひ最後までご覧ください。

 

インターン・副業人材が増える背景と実務影響

　採用難が強まる中、企業は柔軟な人材活用を進めています。
　副業解禁や働き方改革の流れは2025年も継続し、給与計算実務はより複雑になります。現場では、最低賃金の改定や雇用形態の多様化を踏まえ、ルールに沿った処理が求められます。特に2025年9月5日の「令和7年度地域別最低賃金額答申」では、埼玉県は1,141円と答申され、過去最大規模の改定となっており、企業は時給設定と勤怠管理を見直す必要があります。

雇用ごとの給与処理の全体像

 

Q＆A

　Q1：副業社員の年末調整は誰が行うのか？
　A1：副業社員の年末調整は「主たる給与支払者」が行います。副業先企業は年末調整を行わず、源泉徴収票を発行します。副業者は本業で年末調整を受けるか、対象外の場合は確定申告を行う必要があります。

  　Q2：インターンの交通費は課税か非課税か？
  　A２：通勤に必要な交通費は非課税ですが、勤務地が不明確な場合や実費でない場合は課税となる可能性があります。支給ルールを明文化することでトラブルを防げます。

　Q3：本業と副業の残業時間は通算するのか？
　A３：副業の場合、残業時間の通算義務はありません。企業は自社の労働時間についてのみ管理します。ただし本業側と情報共有を行わない場合、本人の健康管理面のリスクは残ります。

  　Q4：有償インターンの場合、社会保険は加入が必要か？
  　A４：週20時間以上の勤務や要件を満たす場合、社会保険加入対象となります。勤務時間・賃金要件を事前に確認することで判断誤りを防げます。

 

インターン採用の契約と実務ルール

　インターン採用では、有償と無償の線引きが大切です。
　有償インターンの場合は給与計算が発生し、給与支払い方法や勤怠管理方法を契約時に定める必要があります。無償インターンであっても拘束や業務指示が強い場合は違法となる可能性があるため注意が必要です。

ケース	主たる給与（実施内容）	従たる給与（実施内容）
本業＋副業（一般的）	本業の会社が年末調整を実施。 扶養控除等申告書は本業のみに提出。	副業先は源泉徴収のみ。 年末に源泉徴収票を発行して本人へ交付。
副業のみ（複数社）	収入や継続性が最も大きい支払者を主たるに指定。 指定した支払者が年末調整を実施。	それ以外は従たる給与として源泉のみ。 本人は必要に応じて確定申告。
有償インターン（雇用）	学生であっても要件を満たせば主たる給与として年末調整が可能。 扶養控除や配偶者控除は家族関係に注意。	インターンが従たる給与の場合は源泉のみ。 年末は源泉徴収票を交付。
業務委託のみ（給与ではない）	給与ではないため年末調整の対象外。 取引先は支払調書（対象業種）を交付。	本人は確定申告で事業所得・雑所得として申告。 実態が雇用なら契約の見直しが必要。

 

源泉徴収と社会保険の線引き

　副業者の源泉徴収は雇用契約であれば給与所得として処理します。業務委託の場合は支払調書の対象となりますが、実態が雇用であれば労働法違反となる可能性があるため契約内容と実態の整合性が重要です。

 

給与計算ミスの落とし穴と担当者の防止策

　多様な働き方が広がると、給与計算担当者は割増賃金、交通費、勤怠管理の判断を誤りやすくなります。
　割増賃金の計算は25％以上が原則となり、深夜労働では50％となる場合があります。また交通費の非課税ルールを誤ると追徴リスクが高まり、勤怠データの齟齬は未払い問題につながる恐れがあります。

ミスを防ぐための運用策

　勤怠・給与ソフトの連携を徹底し、労働時間を自動集計する仕組みを整えます。
　さらに、締め日、支払日、単価更新日を固定し社内ルールを明文化することでミス発生率を大幅に減らすことができます。

 

料金シミュレーション｜給与計算代行活用時の費用感

従業員数	給与計算代行丸投げパック	賞与計算
1～5名	11,000円/月	+11,000円/回
6～10名	22,000円/月	+22,000円/回
11～15名	33,000円/月	+33,000円/回
16～20名	44,000円/月	+44,000円/回
21名～30名	55,000円/月	+55,000円/回
31名以上	別途見積り

　※実際の価格は業務範囲により異なります。

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まとめ

　インターンや副業人材の活用は、企業の成長スピードを大きく高めてくれます。一方で、給与計算や社会保険の対応を曖昧にしたまま進めると、後から修正やトラブルが発生しやすくなります。仕組みを整えた企業ほど、採用も現場運用もスムーズに進み、人材のパフォーマンスを最大限に引き出すことができます。まずはできるところから一つずつ整えてみませんか？

　さいたま経理代行センターでは、給与計算代行サービスはもちろんのこと、年末調整等の関連業務を含む給与計算業務に係るトータルサポートを承っております。社会保険料、源泉徴収税の控除を含む給与計算から、給与明細の発行、給与振込まで各種代行業務や、クラウド給与・勤怠ソフト導入のご提案などもさせていただいております。気になる方は是非、お気軽にご連絡下さい。

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